3. Un alt punct important ce invalidează experimentul lui Miller este acela că în atmosfera din acea vreme se afla suficient oxigen pentru a distruge toţi aminoacizii, chiar în momentul în care aceştia ar fi apărut. Acest fapt, ce a fost ignorat de Miller, este revelat de urmele de oxizi de fier şi uraniu ce au fost găsite în rocile estimate a avea vârsta de 3,5 miliarde de ani.
Au mai fost şi alte descoperiri care au arătat că în ceea ce priveşte cantitatea de oxigen din atmosferă la acea vreme, aceasta era cu mult mai ridicată decât cea susţinută iniţial de evoluţionişti. Studiile au mai arătat de asemenea că, la acea vreme, cantitatea de radiaţii ultraviolete la care era expus Pământul era de 10000 de ori mai mare decât cea menţionată în estimările evoluţioniştilor. Această radiaţie intensă ar fi eliberat fără dar şi poate oxigenul, descompunând atât vaporii de apă, cât şi dioxidul de carbon din atmosferă.
Această situaţie neagă în întregime experimentul lui Miller, în care oxigenul este un factor complet neglijat. Dacă în acel experiment s-ar fi folosit şi oxigenul, metanul s-ar fi descompus în dioxid de carbon şi apă, iar amoniacul în azot şi apă. Pe de altă parte, într-un mediu în care oxigenul nu ar fi existat, nu ar fi existat nici stratul de ozon; prin urmare, aminoacizii ar fi fost imediat complet distruşi, întrucât ei ar fi fost expuşi la cele mai intense raze ultraviolete, fără protecţia stratului de ozon. Cu alte cuvinte, cu sau fără prezenţa oxigenului în lumea primordială, rezultatul ar fi fost un mediu letal pentru aminoacizi.
4. La sfârşitul experimentului lui Miller, s-au format mai mulţi acizi organici care aveau caracteristici în detrimentul structurii şi funcţionării organismelor vii. Dacă aminoacizii nu ar fi fost izolaţi şi ar fi fost lăsaţi în acelaşi mediu cu acele substanţe chimice, distrugerea sau transformarea lor în alţi compuşi chimici prin intermediul reacţiilor chimice ar fi fost inevitabilă..
Mai mult decât atât, la sfârşitul experimentului se formaseră şi un număr mare de aminoacizi dextrogiri. Existenţa acestor aminoacizi invalidează teoria folosind propriii săi termeni, întrucât aminoacizii dextrogiri nu pot funcţiona în compoziţia organismelor vii. Şi pentru a concluziona, circumstanţele în care s-au format aminoacizii din experimentul lui Miller nu erau propice vieţii. Într-adevăr, acest mediu a luat forma unui amestec acid care distruge şi oxidează moleculele folositoare obţinute.
Toate aceste lucruri indică un singur adevăr clar: experimentul lui Miller nu poate pretinde că ar fi dovedit faptul că formele de viaţă au apărut din întâmplare, în condiţii asemănătoare Pământului primordial. Întregul experiment nu este altceva decât un experiment deliberat şi în întregime controlat în laborator pentru a sintetiza aminoacizi. Cantitatea şi tipul gazelor folosite în acest experiment au fost alese la modul ideal pentru a permite generarea de aminoacizi. Cantitatea de energie aplicată sistemului nu a fost nici prea mare şi nici prea mică, ci precis aranjată în aşa fel încât să permită iniţierea reacţiilor necesare. Aparatul experimental a fost izolat, în aşa fel încât să nu permită intromisiunea niciunui element distructiv, dăunător sau care să împiedice formarea aminoacizilor. Niciun element, mineral sau compus care se presupune că ar fi fost prezent pe Pământul primordial, dar care ar fi schimbat cursul reacţiilor, nu a fost inclus în experiment. Oxigenul, care ar fi împiedicat formarea aminoacizilor prin intermediul oxidării, este unul dintre aceste elemente distructive. Şi chiar şi în asemenea condiţii ideale de laborator, ar fi fost imposibil pentru acei aminoacizi produşi să supravieţuiască şi să nu fie distruşi dacă nu s-ar fi folosit mecanismul special de captare, „cold trap“.
De fapt, prin acest experiment, Miller a invalidat afirmaţia evoluţioniştilor conform căreia „viaţa a apărut drept rezultat al coincidenţelor inconştiente“. Iar dacă acest experiment demonstrează ceva, acesta este faptul că aminoacizii pot fi produşi doar în medii de laborator controlate, unde toate condiţiile sunt în mod special create prin intervenţie conştientă. Aceasta înseamnă că puterea prin care apare viaţa nu poate fi o întâmplare inconştientă, ci mai degrabă Creaţia.
Motivul pentru care evoluţioniştii nu acceptă această realitate evidentă este adeziunea lor oarbă la nişte prejudecăţi care sunt complet neştiinţifice. Interesant este că Harold Urey, cel care a organizat experimentul lui Miller împreună cu studentul său Stanley Miller, a mărturisit următoarele:
“Noi toţi cei care studiem originea vieţii, descoperim că, cu cât ne adâncim în studiul ei, cu atât mai mult simţim că este mult prea complexă pentru a fi evoluat de undeva. Noi credem cu toţii, având un fel de convingere, că viaţa pe această planetă a evoluat din materia lipsită de viaţă. Însă complexitatea ei este atât de mare, încât este greu să ne imaginăm că lucrurile au stat chiar aşa.”