Experimentul lui Miller a încercat să dovedească faptul că aminoacizii s-au putut forma singuri, în condiţiile asemănătoare cu cele ale pământului primordial, dar acest experiment conţinea contradicţii în diferite privinţe:

1. Folosind un mecanism de captare denumit „cold trap“, Miller a izolat aminoacizii de mediul originar, de îndată ce aceştia s-au format. Dacă nu ar fi făcut aceasta, condiţiile mediului în care s-au format aminoacizii ar fi distrus de îndată aceste molecule.

Fără nicio îndoială că acest mecanism conştient care să izoleze nu a existat pe pământul primordial. Iar fără un asemenea mecanism, chiar dacă ar fi fost obţinut un aminoacid, acesta ar fi fost distrus imediat. Chimistul Richard Bliss a exprimat această contradicţie observând că: „De fapt, fără acel mecanism de captare, produsele chimice ar fi fost distruse de către sursa de energie.“

Şi bineînţeles că în experimentele sale anterioare, Miller nu a reuşit să facă nici măcar un singur aminoacid fără a folosi acel mecanism de captare.

2. Mediul atmosferic primordial pe care Miller a încercat să-l simuleze în experimentul său nu era realist.

În anii 1980, oamenii de ştiinţă au căzut de acord că în acel mediu artificial ar fi trebuit să se folosească azot şi dioxid de carbon, în loc de metan şi amoniac. După o lungă perioadă de tăcere, chiar şi Miller a mărturisit că mediul atmosferic pe care l-a folosit în experimentul său nu fusese realist.

Şi atunci, de ce a insistat Miller să folosească aceste gaze? Răspunsul este foarte clar: fără amoniac, ar fi fost imposibil să sintetizeze vreun aminoacid. Kevin McKean vorbeşte despre acest lucru într-un articol publicat în revista Discover:

“Miller şi Urey au căutat să imite atmosfera străveche a Pământului folosind un amestec de amoniac şi metan. Conform părerii lor, Pământul era un amestec absolut omogen de metal, roci şi gheaţă. Cu toate acestea, din ultimele studii se înţelege că în acele vremuri Pământul era foarte fierbinte, şi că era compus din fier şi nichel topit. Prin urmare, compoziţia chimică a atmosferei din acea vreme trebuie să fi fost azot (N2), dioxid de carbon (CO2) şi vapori de apă (H2O). Însă aceste gaze nu sunt la fel de potrivite pentru producerea moleculelor organice precum metanul şi amoniacul.”

Oamenii de ştiinţă americani J.P. Ferris şi C.T. Chen au repetat experimentul lui Miller cu un mediu atmosferic ce conţinea dioxid de carbon, hidrogen, azot şi vapori de apă, şi nu au reuşit să sintetizeze nici măcar o singură moleculă de aminoacid.