Evoluţioniştii răspund de obicei la critica de mai sus susţinînd că evoluţia se petrece prea lent pentru ca noi să o putem observa petrecîndu-se astăzi. Ei obişnuiau să pretindă că adevăratele dovezi ale evoluţiei rezidă în arhiva fosiliferă, însă adevărul este că miliardele de fosile cunoscute nu conţin nici măcar o singură formă care să prezinte fără echivoc structuri tranziţionale în procesul de evoluţie.
“Dat fiind că evoluţia, conform lui Darwin, era într-o continuă stare de mişcare… a rezultat logic că arhiva fosiliferă ar trebui să abunde de exemple de forme tranziţionale mergînd de la cele mai puţin evoluate la cele mai evoluate”
Chiar şi cei care cred într-o evoluţie rapidă recunosc că ar fi nevoie de un număr considerabil de generaţii pentru ca un anumit “fel” să evolueze într-altul mai complex. Ar trebui, deci, să existe un număr considerabil de structuri tranziţionale adevărate păstrate în fosile (în fond, există acolo miliarde de structuri netranziţionale). Dar (cu excepţia cîtorva creaturi foarte îndoielnice precum controversatul „dinozaur cu pene” şi pretinsele „balene mergătoare”) acestea nu sunt de găsit.
În loc să umple golurile din arhiva fosiliferă cu aşa-numite verigi lipsă, majoritatea paleontologilor s-au găsit în situaţia în care în aceasta erau numai goluri, fără nici un semn de „intermediare” transformaţionale între speciile fosilifere documentate“.
Întreaga istorie a evoluţiei de la apariţia vieţii din non-viaţă la evoluţia omului din maimuţă trecînd prin evoluţia vertebratelor din nevertebrate, este în mod izbitor lipsită de forme intermediare: toate verigile lipsesc din arhiva fosiliferă, aşa cum lipsesc şi din lumea prezentă. Cu privire la originea vieţii, un cercetător de seamă în domeniul său, Leslie Orgel, după ce arată că nici proteinele nici acizii nucleici nu puteau apare una fără cealaltă, concluzionează:“Şi astfel, la prima privire, cineva ar putea trage concluzia că de fapt viaţa nu ar fi putut apare niciodată prin mijloace chimice.”
Fiind un „evoluţionist total”, Dr. Orgel nu poate accepta o asemenea concluzie. În consecinţă, el speculează afirmînd că este posibil ca ARN-ul (Acidul RiboNucleic) să fi apărut primul, dar apoi este nevoit să admită totuşi că: “Evenimentele precise care au dat naştere ARN-ului rămîn neclare… investigatorii au propus multe ipoteze, dar dovezile în favoarea fiecăreia sunt în cel mai bun caz fragmentare”
Traducere: “Nu se cunoaşte nici o cale prin care viaţa să fi putut apare de la sine. Din păcate, două generaţii de studenţi au fost învăţaţi că faimosul experiment al lui Stanley Miller pe un amestec gazos, a demonstrat practic originea naturalistă a vieţii. Dar nu este aşa! Miller a pus tot lucrul într-o sferă, a încărcat-o electric, şi a aşteptat. El a descoperit apoi că aminoacizi şi alte molecule complexe fundamentale se acumulau pe fundul aparatului. Descoperirea a dat un uriaş avînt investigaţiei ştiinţifice asupra originii vieţii. Într-adevăr, pentru cîtva timp a părut ca şi cum crearea vieţii într-un tub de testare era la îndemîna ştiinţei experimentale. Din păcate, asemenea experimente nu au progresat mai departe decît prototipul original, lăsîndu-ne cu un gust amar din supa primordială.”