După ce Muhammed a propovăduit în mod public timp de mai mult de un deceniu, opoziţia împotriva lui s-a intensificat atât de mult încât, temându-se pentru siguranţa lor, el şi-a trimis unii dintre  adepţi în Etiyopia, unde conducătorul creştin, un rege-preot, cunoscut pentru bunatatea si simtul au de dreptate, şi-a extins protecţia asupra lor, a cărui memorie a fost păstrată de către musulmani mereu. La nasterea Islamului, primii musulmani aflati in suferinta au fost ajutati de un crestin si acest lucru este mai mult decat semnificativ.

Quraisitii, surprinsi de aceasta plecare, si-au trimis solii la Negus, cu atat mai mult cu cat erau in bune relatii cu el, datorita calatoriei cu scopuri negustoresti din fiecare iarna. Negusul i-a primit, dar a refuzat sa-i predea pe fugari inainte de a asculta pledoaria fiecarui grup. Hotararea pe care a luat-o a fost in favoarea musulmanilor, care au trait in pace si siguranta sub domnia lui. La moartea Negusului, Profetul Muhammed a oficiat in mocheea sa din Medina o rugaciune speciala de inmormantare denumita „rugaciunea celui absent”. Aceasta afinitate si aceasta subtila prietenie dintre crestini si musulmani nu a fost niciodata exploatata si nu este nici astazi. Ostilitatile dintre aceste doua mari religii au aparut abia mai tarziu si din cauza unei rivalitati mai degraba politice decat doctrinare.

In Mecca persecuţiile s-au intensificat, cei care îl urmau pe Muhammed fiind chinuiţi, abuzaţi, şi chiar torturaţi.

Intr-un final, Muhammed şi-a trimis şaptezeci dintre cei care îl urmau în nord, în oraşul Yathrib, care avea să fie numit mai apoi „Medina“ (Oraşul). Mai târziu, în toamna timpurie a anului 622, el a aflat de un complot de asasinat împotriva lui, şi împreună cu cel mai apropiat prieten al lui, Abu Bakr As-Siddiq, s-a decis să îi urmeze pe emigranţi.

În Mecca, cei care ii pusesera la cale asasinarea, au ajuns acasă la Muhammed şi l-au gasit pe vărul lui, Ali, dormind în patul lui. Înfuriaţi, meccanii au pus un preţ pe capul lui Muhammed şi au pornit în urmărirea lui.

Totuşi, Muhammed şi Abu Bakr s-au refugiat într-o peşteră ascunzându-se de cei care îi urmăreau’ la intrarea in pestera, miraculos pentru timpul scurt scurs, un păianjen a ţesut o pânză. Când au văzut că pânza nu  era ruptă, meccanii au trecut pe lângă peşteră, considerand locul neumblat iar Muhammed şi Abu Bakr şi-au continuat drumul spre Medina, unde au fost primiţi cu bucurie atât de o mulţime de mediniţi, cât şi de meccanii care plecaseră dinainte pentru a pregăti drumul.

Aceasta a fost Hijrah (622), Hegira dupa pronuntia anglo-saxona, dar incorect tradusă ca „Zborul“, de fapt, Hijrah nu a fost un zbor, ci o emigrare plănuită cu grijă, care marchează începutul erei islamice si  de asemenea un nou mod de viaţa pentru Muhammed şi musulmani.

De aici înainte,  principiul organizaţional al comunităţii nu a fost înrudirea de sânge, ci o înfrăţire mai nobilă a tuturor musulmanilor. Cei care l-au însoţit pe Muhammed în Hijrah au fost numiţi „muhajirun“ – care înseamnă „cei care au făcut hijrah“ sau „emigranţii“-, pe când cei din Medina care deveniseră musulmani au fost numiţi „ansar“  sau „ajutătorii“.